Mặc dù mỗi quốc gia tự do chọn đội tuyển của nước mình theo bất kỳ tiêu chí phù hợp nào, quá trình lựa chọn vẫn thường liên quan đến việc tổ chức các kỳ thi Olympic cấp quốc gia và khu vực. Nhiều nước đã tổ chức "trại huấn luyện" cho những học sinh hàng đầu của họ. Ở các trại huấn luyện này, các cố vấn sẽ cung cấp cho các học sinh khóa học tăng tốc tương đương trình độ cao đẳng trong ngành hóa học, với trọng tâm là các chủ đề bao trùm các bài toán chuẩn bị Olympic, và huấn luyện cho phần thi thực hành của năm đó. Đã có thỏa hiệp rằng, những chương trình đào tạo như vậy không được kéo dài quá thời gian hai tuần. Nhưng hàng năm vẫn có những cáo buộc cho rằng, một số nước đã vượt quá giới hạn này hàng tháng, hoặc thậm chí cả năm trời. Mối quan tâm khác là một số nước có xu hướng đưa cũng những học sinh đó thi năm này qua năm khác, giúp cho họ có thể giành được huy chương tốt hơn. Mặc dù một số người tin rằng việc này là chống lại tinh thần của Olympic, nhiều quốc gia vẫn gặp khó khăn trong quyết định để lại những học sinh ưu tú nhất của họ ở nhà.